xorg.conf に書き足してやれば良いのですが Fedora Core 6 では
かなり簡略化され mouse に関する項目がないのには驚きました
そっくり書き足すことで、真ん中ボタンでスクロールできるようになりました

[root＠fedora6 ~]# vi /etc/X11/xorg.conf
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Section "InputDevice"
	Identifier	"Mouse0"
	Driver	"mouse"
	Option	"EmulateWheel"		"true"
	Option	"EmulateWheelbutton"	"2"
	Option	"EmulateInertia"	"180"
EndSection
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